В сентябре 1939 года после начала Второй мировой войны майор Добжаньский сражался с немецкими и советскими войсками — в частности, оборонял Гродно. После сдачи города 23 сентября защищавшие его польские войска ушли в нейтральную Литву и были интернированы, и только один 110-й уланский полк отказался выполнить такой приказ и двинулся на помощь осажденной Варшаве. По пути был окружен советскими войсками и прорвался ценой больших потерь. Полковник Ежи Домбровский вскоре после этого распустил отряд, но около 180 бойцов во главе с Добжаньским продолжили путь. До Варшавы дойти не успели — столица капитулировала 27 сентября. Добжаньский и с ним около 50 человек двинулись на юг, чтобы пробраться во Францию. 1 октября они переправились через Вислу и в тот же день снова вступили в бой с немцами, после чего решили остаться в Свентокшиских горах и дожидаться наступления союзников (Добжаньский надеялся, что оно начнется весной 1940 года).
5 октября польская армия была окончательно разбита, и Добжаньский стал в полном смысле слова партизаном. Он организовал «Особый отряд Войска польского» и принял над ним командование под псевдонимом «Хубаль» (по прозвищу той части рода Добжаньских, к которой принадлежал Хенрик). В начале ноября отряд одержал первую победу над немцами под Цисовником. Местные жители помогали партизанам уходить из немецких ловушек, в ответ немцы развернули репрессии против гражданского населения.